中菲經貿合作發展迅速。1975年建交時，兩國政府簽訂了貿易協定。1977年以來，中菲雙方每年在北京和馬尼拉輪流舉行副部級貿易聯委會會議，商簽年度貿易議定書和安排兩國間進出口主要商品，迄今已舉行了26次。

　　中菲建交時，中菲年貿易額僅為7200萬美元。進入21世紀以來，中菲貿易發展較快。據中國海關統計，2002-2007年，中菲貿易連續6年增幅超過30%（分別為48%，79%，42%，32%，33%，31%）。2007年，中菲貿易額創歷史最高紀錄，達到306億美元。2008年10月以來，受全球經濟危機影響，中菲貿易額有較大下滑。2008年中菲貿易額285.8億美元，2009年雙邊貿易額降至205.3億美元，其中中方出口85.8億美元，進口119.5億美元。目前，中國為菲律賓第三大貿易夥伴，菲律賓為中國在東盟的第六大貿易夥伴。

　　近年來，中菲經濟合作有長足的發展。1992年兩國正式簽署了《相互鼓勵和保護投資的協定》，1993年又簽署了《經濟技術合作協定》。1999年兩國財長簽署了《避免雙重徵稅的協定》。同年兩國農業部長簽署了兩國政府間《關於加強農業及有關領域合作協定》。2004年，兩國簽署《漁業合作諒解備忘錄》。2005年，中菲兩國政府在馬尼拉簽署《關於促進貿易和投資合作的諒解備忘錄》。2006年，中菲簽署《關於建立中菲經濟合作夥伴關係的諒解備忘錄》。2007年，中菲簽署《關於擴大和深化雙邊經濟貿易合作的框架協定》。

　　截至2009年底，中國在菲累計簽訂勞務承包合同62.48億美元，對菲直接投資約1.3億美元。菲累計在華投資專案2696個，實際投資26.4億美元。菲律賓是中國提供優惠出口買方信貸最多的國家，至今已累計承諾提供18億美元優買信貸。2001年5月中方援建的“中菲農業技術中心”在菲動工，2003年3月竣工，中菲農業技術合作專案取得良好效果。